Olá
Deves limpar as matérias filtrantes com água do aquário pq será uma água maturada, sem cloro, ao contrário da água da rede, que matará as bactérias benéficas existentes nas matérias filtrantes.
Eu limpo na água do aquário normalmente, aperto dentro de água, bato etc etc, sempre dentro de água e deixo-as ficar sempre dentro de água se for limpar o balde e o rotor....
Para desligar o filtro faço como indicaste. torneira saída, entrada e corrente.
Eu separo o corpo pelas torneiras, levo para o wc, abro uma torneira, depois a outra, retiro um pouco de água para sanita/recipiente, e depois fecho a torneira da entrada de água no copo do filtro e abro/separo a cabeça.