Olá,
o areão grosso nao favorece as plantas, como tal irá ser mais difícil para elas.
Se é de substrato fértil que falas, tem que ficar bem tapado por debaixo do areão, não deve estar em contacto directo com a coluna de água, caso contrário os nutrientes passam para esta e será ideal para as algas.
As plantas preferem areão mais pequeno, 3 a 5 mm será o ideal penso eu de que.... Areia tb não, pois fica muito compacta e apodrece as raízes das plantas.
Se tens filtro este será o local mais importante a nível de bactérias, tb não indicou quanto tempo tem o aquário montado seria mais fácil.
Durante o processo deverá arranjar um recipiente (aquário ou uma caixa de plástico) em que caiba o termostato e filtro, colocar os dois lá dentro com água retirada do aquário. Depois colocar lá os peixes e realiza as alterações que pretende, no final volta a devolver tudo ao aquário (com a mesma água).
Um conselho, o aquário é muito pequeno para um escalar, mesmo jovem, para crescerem precisam de espaço e aí como não tem vai crescer atrofiado, além disso são peixes de cardume (excepto no acasalamento), logo para estar bem precisa de companhia de mais escalar ainda pior.