Olá,
Tens aspirado o fundo do aquário a quando das TPA's?
É que ajuda a remover restos de comida e claro da matéria orgânica existente que em muito ajuda ao aumento dos ditos caracóis.
O remédio Fluvermal mata todos os caracóis, pode ser uma solução.
Quanto ao filtro, se ele se suja assim tanto (+ a praga dos caracóis) é porque deves estar a alimentar demais a tua fauna, não?