Já agora, acho que não referiste quantas horas tens de luz por dia. Nesta fase do campeonato (digo pelo que se passa no meu) 4 horas, ou mesmo escuridão total seria o mais aconselhado, penso eu.
Em relação aos fosfatos e silicatos, como o lionman já referiu, podem ser uma das causas para essas algas, visto que a carga orgânica é muito reduzida. Eu tenho um aquário igualzinho ao teu e uso água do mar e água da torneira para reposição, sendo que a da torneira é tratada com um produto da JBL para reduzir cloro e metais pesados. No aquário tenho um filtro HOB da Aquaclear com Chemipure Elite, que se encarrega de várias coisas, como os fosfatos e silicatos. Acho que começei a notar algumas diferenças. Se calhar de início deverias reduzir o tempo de luz, ou fazes mesmo um apagão durante uns dias...
Boa sorte,
Paulo