Boas,
uma coisa essencial a fazer é sempre ferver os troncos, pois deste modo eles vão libertar tudo o que contenham dentro (restos de seiva e vários substâncias), já para não falar que em termos de fungos, bacérias, etc, é a única maneira eficaz de os eliminar (sendo sempre melhor imediatamente após a fervura mergulhar o tronco em água com gelo, pois o choque térmico é do melhor para eliminar todos esses microorganismos indesejados).
Espero ter ajudado
Abraço