É relativo... bactérias tem um ciclo de vida e necessitam de o2 para reprodução, logo deixar desligado por muito tempo acarreta falta de reprodução das mesmas, que cria uma diminuição populacional. A falta do o2 resulta na paralisação da reprodução das bactérias, supondo que seu filtro esteja desligado: se a água que está em teu filtro não está em superfícies com o ar o tempo de o2 dela será rapidamente reduzido, se tem contato com o ar o tempo de o2 dela também será reduzido porém de maneira desacelerada. Posto isto, temos que: o tempo que um filtro pode ficar desligado é relativo à superfície de contato do ar com a água que está no filtro.
Temos também que observar o ciclo de colonização... Bactérias em seu ciclo estabilizado tem seu metabolismo reduzido, portanto se reproduzem e se alimentam menos. A limpeza que acaba por reduzir o número de bactérias no filtro serve para dar um "reset" no ciclo das bactérias fazendo com que voltem ao tempo de colonização tornando o metabolismo das mesmas mais acelerados, fazendo com que consequentemente passem a se reproduzir mais e também se alimentar mais. Logo: é "bom" de maneira controlada perder algumas bactérias quando o ciclo de colonização esta estável.