Achas que pode fazer assim tanto mal? É que tenho andado a usar isso todos os dias. Há outras maneiras de remover as Ciano. Aspira-las do aquário, com o substrato todo que estiver à volta, para evitar que se espalhem. Mas agora fiquei intrigado com essa história do Excel... trabalhando tu na área em que trabalhas, deixaste-me assustado.
Se não tens vontade de lutar contra elas, vais fazer o quê? Deixar que se espalhem? Olha que elas propagam-se mesmo muito, e são bastante resistentes. Ultimamente tenho pensado em montar de novo todo o aquário e estou bastante inclinado para nem sequer pensar em voltar a usar o mesmo substrato (que, por acaso, me custou bastante dinheiro... mas só a ideia delas poderem manter-se por lá escondidas...).
Podes sempre fazer como eu e colocar no aquário uma bomba de circulação. No meu caso parece ter funcionado, até em termos de crescimento de plantas em alguns sítios onde a água anteriormente parecia estar mais estagnada. Mas terias que encontrar uma bomba muito fraquinha, ou então uma que desse para regular o fluxo. Mas o filtro externo poderá resolver, sim. Alguns dos teus "problemas" não terão haver com essa cadência com que limpas o filtro? Não é suposto limpa-lo mais que uma vez por mês, ou de dois em dois meses. Mesmo os de mochila.
Alguma coisa terás que fazer, pelas plantas. Se elas não crescem, é porque alguma coisa está mal... não podes deixar que o medo das algas te impeça de lhes "dar comida".