Bom dia Hugo. O que estás a dizer é que queres alterar praticamente toda a estrutura do teu aquário, logo, acho que devias reiniciar o ciclo do azoto e isso implicaria algumas semanas sem vivos dentro do tanque. Tens outro em casa onde os possas colocar enquanto esperas que esse fique em condições para os voltar a receber? Caso contrário sugeria uma remodelação mais simples, trocando apenas a areia por um substrato inerte da cor que queres. Nesse caso, deves retirar a água para garrafões - para a voltares a utilizar depois, e fazer a coisa o mais rapidamente possível - no máximo, 3 horas, para não perderes as bactérias que tens dentro do filtro. Também podes adicionar o tal tronco de que falas, se quiseres... só não te aconselho a trocar o substrato para um fértil porque (seja ele qual for) nos primeiros tempos vai libertar grandes quantidades de nutrientes na coluna de água e isso implica mudanças de água drásticas (1 vez por dia na primeira semana, de dois em dois dias na segunda, três em três na terceira e uma vez por semana a partir da quarta) que podem por em causa todo a tua montagem.
O teu objectivo é utilizar plantas? Caso não seja, não vejo necessidade de mudares para um substrato fértil. Caso queiras utiliza-las, e mesmo com substrato inerte, podes sempre optar por plantas mais "fáceis", que se alimentem mais pelas folhas, como Anubias, Bucephalandras e Fetos de Java, presos ao tal tronco.