Indicaram-te mal aquilo que devias fazer. Ao tirares um filtro e colocares o novo, foi quase como voltares ao início da montagem do aquário. Não é bem assim, porque as bactérias benéficas acabam por se desenvolver também no areão e na decoração que tens dentro do tanque, mas a maioria fica mesmo alojada no filtro - daí o facto de quase não o poderes "limpar" durante as TPA's. Basta apenas enxaguar as esponjas e qualquer outro material que tenhas lá dentro. Provavelmente tiveste um pico de amónia, aliado a qualquer bactéria que já podia estar no tanque ou que foi para lá trazida pelo outro peixe que compraste.
O que fazer a seguir, não sei... esses peixes que tens são resistentes... podes voltar a tentar com outro cardume, mas dá um tempo ao filtro para ciclar, e só depois compravas os animais. Pessoalmente optaria por um Betta. Acho que tem mais piada, e os 13 litros, apesar de curtos, acabam por ser suficientes. Já que estás a pensar em mudanças, que tal apanhares umas pedras num riacho qualquer que tenhas perto de tua casa e optares por uma planta de baixa manutenção, como o Feto de Java, por exemplo. Ainda ontem dei o exemplo de um aquário que montei por muito pouco dinheiro (até cheguei a ter dentro dele um filtro semelhante ao que deves estar a usar) a outro membro aqui do site. A ideia era manter lá alguns peixes durante a desmontagem do meu aquário maior e depois estava a pensar colocar lá um Betta, mas entretanto desmontei tudo e devolvi os peixes à loja onde os comprei porque vou mudar de casa. De qualquer forma, fica aqui para te servir como exemplo, caso queiras fazer uma coisa semelhante.
Ah, este aquário tinha uma calha e um termostato que comprei numa Loja China. Não ficou nada caro... acho que com a compra da planta e esse equipamento não cheguei a gastar 30€. Já tinha o tanque, o filtro e o areão.
Dito isto, só te posso desejar melhor sorte daqui para a frente. Não desanimes. Pensa nisto como um processo de aprendizagem.