Antes de mais, e muito mais importante que tudo o resto, lamento essa distância a que te vais ver da tua filhota. Não tem sido um ano fácil para ti! Espero que isso entretanto comece a melhorar.
Em relação ao CO2... também já me vi com problemas do género. Como na altura apenas desconfiava que ele não estava a chegar a todo o aquário, e queria ter a certeza, optei por comprar um daqueles "T's" que enfia o gás pelo tudo de saída do filtro. Não sei se no teu caso poderias fazer uma coisa semelhante (já vi aqui recentemente alguém que colocou a saída do CO2 dentro do filtro), mas se já encontraste solução para o problema, também será desnecessário pensar mais nisso.
O que te queria dizer é para teres muita atenção durante as TPA's... lembra-te de não usar as mesmas esponjas e acessórios nos dois aquários. A fazê-lo, certifica-te que os lavas muito bem primeiro (com lixívia, por exemplo).
Um grande abraço. Espero que o ditado se verifique e que depois da tempestade venha a bonança!