Eu defendo que se coloquem os dois do mesmo lado do tanque, ficando um à frente e outro atrás. Desse modo a água circula à volta do aquário, em termos horizontais - no teu caso, dando a volta aos troncos. A maioria das pessoas coloca os dois juntos do mesmo lado do aquário, mas pelo que entendo isso faz com que a água circule na frente apenas, ou atrás. Isto é um preciosismo, claro, porque quer de uma maneira quer de outra, a água acaba toda por se movimentar dentro do tanque. Também terá haver com as plantas que uses, que podem reduzir o caudal. A melhor dica que te posso dar é experimentares e avaliar.
Ainda sobre este aspecto... como o meu filtro não é dos mais potentes, e queria mais circulação de água, optei por colocar uma ventoinha dentro do tanque, no canto oposto ao Out, em baixo. Isto fazia com que os detritos não se acumulassem no solo. Mas o meu aquário tem 90cm... este é bem mais pequeno... não faz sentido seguires essa dica. A partir do momento que compre um filtro mais potente também devo deixar de usar a tal ventoinha. Mais uma vez... terei que experimentar e avaliar.