Como o @Brunomcc2000 já explicou, a melhor opção é sempre usar 2 filtros separados com filtragem mecânica e biológica.
Filtros em série têm de ser muito bem mantidos, pois se o primeiro filtro perde capacidade de fluxo por falta de manutenção, o outro vai ficar a trabalhar em vácuo, o que reduz sériamente o tempo útil de vida da bomba do filtro.
Desligar um filtro durante a noite também não me parece boa ideia. As bactérias do filtro precisam de oxigénio para decompor Amónia e os Nitritos, sem fluxo de água o oxigénio vai ser muito reduzido, depois vais ter matéria no filtro a decompor durante a noite, que vais enviar para o aquário de manhã, de uma só vez...