Não percebi como vais fazer o recorte de 50*5... normalmente faz-se um buraco circular no vidro. Não sou especialista, mas sei que cortar vidro nem sempre é tão simples quanto parece...
Quanto à dimensão do tubo, não sei se já tiveste isso em consideração, mas tens que te lembrar que a água vai para baixo só com a gravidade, não tem nenhum motor, tens que ajustar a dimensão do tubo à quantidade de fluxo queres ter. Há várias tabelas online que te ajudam a escolher.
Um tubo de 1 polegada aguenta um fluxo de 600gph (cerca de 2200 l/h). O sistema Bean Animal, daquilo que me lembro, usa continuamente 2 tubos (principal e secundário) e tem outro de emergência.
Cada tubo deve fazer o mesmo, ou pouco menos do fluxo total que queres ter, os dois tubos de uso contínuo, devem fazer (os dois juntos) mais do que precisas. Tubo de 1 polegada é adequado se quiseres ter um fluxo total de 2300l/h ou mais.
Para 1500l/h, por exemplo, o tubo de 3/4 de polegada seria mais "ajustado". Ainda assim, vale mais ter um tubo maior do que o indicado, do que um mais pequeno, até porque no sistema Bean Animal é possível ajustar o fluxo no tubo principal e ficas sempre com a possibilidade de ter mais fluxo se se provar necessário.