Eu uso bomba de ar em aquários com injeção de CO2 só em 2 casos muito específicos:
Mais para o início da montagem, quando começa a aparecer aquele bio-filme à superfície (a superfície parece que fica oleosa). A bomba de ar ajuda a fazer isso desaparecer em muito pouco tempo.
No Verão, se a temperatura da água aumenta muito, para promover a oxigenação da água.
No entanto, também tenho sempre o cuidado de colocar menos quantidade plantas flutuantes e de peixes do que normalmente faço em aquários em que faço injeção de CO2, para não haver tanto consumo de oxigénio, de maneira a que não seja precisa a agitação da superfície.