Tenho visto muitos pros a aconselharem o Pro 4 350 para os 90x45x45 por isso acho estranho achares que é pouco. Como tens a media posta? E que media é? Eu tenho um pro 4 600 no "90p" e acho muito bom, por vezes até talvez "demais". Por isso acho que o 350 fica bem aí.
Acerca da luz penso que tenho a minha mais ou menos da mesma altura que a tua, mas só por necessidade por ter muitos troncos acima da linha da água, mesmo que quisesse meter mais em baixo não conseguia. Na próxima montagem vou experimentar, visto que as S "normais" têm uns apoios de 11cm e são aconselhados para 45 de largura, por isso acho que podes e deves meter mais em baixo, desde que a distribuição de luz chegue a todo o lado.
Quanto ás plantas estarem menos bem só posso aconselhar uma coisa que faz falta a muitos aquascapers: paciência! Com este ingrediente vais a todo o lado. Se tiveres o equipamento correto e boa manutenção semanal o aquário cura-se sozinho.