Um conselho que te posso dar é que tragas também a água do aquário (ou pelo menos metade dela)... Mas mesmo assim precisas de ter onde colocar os peixes quando chegas a casa, enquanto montas tudo de novo!
Coloca mais alguma informação para te poderem ajudar melhor:
- de quantos peixes estás a falar? Que espécies?
- qual o sistema de filtração? Interno ou externo?
é que uma das alternativas que vejo seria usar em tua casa um recipiente com capacidade adequada (minimamente) onde colocarias os peixes com o filtro e resistência a funcionar enquanto (re)montavas o sistema... e já agora não te esqueças de transportar as matérias filtrantes com água do aquário para não perderes a colónia de bactérias.
E se estás assim "tão verde" como dizes podes sempre começar por ler este tópico: http://www.aquariofilia.net/forum/index.php?showtopic=36380