Costumo fazer a limpeza do filtro, uma vez por mês, no dia da TPA e não tenho problemas, mas sim, se fizeres uma limpeza a fundo, seja no dia da TPA ou não, podes matar as bactérias que habitam no filtro e reduzir drasticamente a capacidade de filtragem biológica da montagem.
O que acho é que o desgaste pela falta de manutenção, pelo menos ao nível das TPAs, e talvez limpeza geral, pode ter saturado o aquário, e mesmo se parecia que estava tudo bem, ao minimo descuido foi tudo por água abaixo, salvo seja. A manutenção é muito importante para manter um aquário saudável. Estares no limite das capacidades do mesmo é que me parece ter sido o causador desses problemas. O que sugiro é refazeres a montagem e na nova teres atenção e fazeres uma manutenção adequada.