Honestamente, para teres um tronco "artificial" mais vale comprares um. Podes é tentar encontrar madeira mais resistente e melhor que não liberte resíduos, mas é normal que escureça um pouca a água o que em alguns casos pode também não acontecer. O apodrecimento do tronco significa que este não é o melhor para o aquário, e atenção que troncos comprados em lojas de animais não significa que sejam os melhores, muitas lojas só querem vender e tanto vender troncos usados nos repteis para peixes.
Sinceramente não vejo vantagem em o impermeabilizares, e certamente nao ficará muito barato, a menos que seja um troco que tenhas uma certa afinidade por já o teres à bastantes anos, nesse caso pode compensar-te. Mas com a resina de fibra de vidro não sei até que ponto não irá estalar, até porque ele teria que estar totalmente seco por causa das humidades antes da"modificação", o que secar um tronco não é fácil, pode ir ao forno e assim mas pode sempre queimar partes....