Penso que a explicação seja mesmo o excesso de bactérias.
Elas, durante a noite descem para o substrato. Durante o dia, sobem para a luz.
De manhã a água não deverá estar tão esbranquiçada, certo?
De noite, com as luzes acesas deve estar bastante mais esbranquiçada.
Ao haver demasiadas bactérias, aumenta o consumo do oxigénio.
Os peixes, ao terem pouco oxigénio dissolvido na água, vêm à babuja, vêm respirar mais à tona da água.
Ao não teres plantas naturais, que de dia produzem oxigénio, a falta deste ainda é mais notória.
O que costuma ser aconselhado é não alimentar durante três dias, limpar limos e detritos, aumentar a oxigenação e utilizar produtos (à venda) para eliminar bactérias.
Mas as causas desse aumento de bactérias é algo que terá de ser investigado, tal como disse o Sapingas.
Que tipo comida dás? Congelada ou seca? É de marca "branca"? Será que o ciclo do azoto chegou a ser bem feito? Terás o substrato correcto (a granulometria pode ter influencia)?
As TPA's devem, no máximo, ser de um terço do volume e feitas apenas uma vez por semana.
TPA's excessivas também poderão alterar a qualidade da água.