Boas Gonçalo!!!
Acho um excelente ideia, e podes colocar bastante informação dentro.
Vou deixar a minha opinião, breve, se bem que poderia colocar muito mais, que ideias não faltam...
Peixes: dividi-los em peixes de água doce e salgada, e quente e fria, enumerar as diferentes espécies para cada grupo, associando as suas características, comportamentos comuns, alimentação, etc
Flora e restantes fauna faria a mesma coisa, sempre dividindo nesses grupos....( faz uma boa aposta em camarões, caracóis, e etc, porque falta informação nessa área)
Doenças: Enumera-las com as suas características, e modo de identifica-las, tratamento e medicação, e poderias associas a cada espécie as doenças mais comuns...
Equipamentos: características, funções, etc
Modos de Procedimento de manutenção e tratamento de aquários...
Associar os dois pontos anteriores com a fauna e flora, por exemplo: um aquário de água quente doce, como deve ser constituído e seu modo de manutenção, que espécies lá colocar e decoração, tendo em conta as dimensões dos aquários com as dimensões da fauna e flora.
Outro ponto, na fauna e flora, e que sinto que falta informação, mesmo em certas lojas, é que conjugação de espécies podemos fazer em aquários. por exemplo, não devemos colocar uma piranha com guppy's, porque senão adeus guppy's, ou então, os kinguios comem muitas vezes as plantas nos aquários... por aí...
Ainda falta muita coisa
Mas espero que sirva de algo a opinião
Cumprimentos