Boas! Bem-vindo ao Forum :D
Penso que... Dentro dos possíveis e no meio do desespero, até agiste bem... Mas podias ainda ter sifonado algum do fértil, e ter reforçado a camada de inerte na zona e aí ter voltado a colocar o tronco no sítio, isto para corrigir o problema a nível de estética.
Em relação à fauna, não te preocupes, mede a amónia e volta cá e diz qualquer coisa.
Cumps