Bom diaaaaaa,
Na cola eu utilizaria mesmo o silicone próprio para aquários.
Em relação às bactérias, elas existem não só no filtro mas também em todo o aquário (agua, areão, plantas, pedras, etc.)
Sem dúvida que as do filtro morrerão... a não ser que... tcharammmmmm:
1º retiras as matérias filtrantes do filtro
2º colocas numa rede ou meia de senhora
3º colocas dentro do aquário
Para manteres a qualidade da água durante 3 ou 4 dias basta que ela tenha movimento. Nada que não consigas fazer com um pequeno motor de algum brinquedo electrico.
Se tens receio que a colonia de bactérias morra por completo, o que não acontece, podes sempre colocar um pouco de bactérias diáriamente, por exemplo o Sera Nitrivec.
Espero ter ajudado e que tenhas gostado