E um conselho que te posso dar, e que se pesquisares um pouco vais ler bastantes vezes, é que na aquariofilia é preciso paciência. Não é com 2 ou três dias que vês alterações nas algas, tens que dar um tempo.
Edit : os fosfatos costumam ser para controlar as greenspot, o que tinhas parecia Green dust, se voltar a aparecer não limpes, ela tem um ciclo, leva um tempo e desaparece. Podes pesquisar melhor. E nas pedras parece me bga, se fôr, aí sim vai ser mais chato.