A estratificação do substracto é real, basta pensares num elemento a circulação de água, a água que fica no subcontracto, não sai de lá tem uma renovação muito baixa, pois não circula. A restante água do aquário tem constante movimentação e características diferentes.
Vou dar-te um exemplo de uma montagem minha:
http://www.aquariofilia.net/forum/index.php?showtopic=181421&hl=&fromsearch=1
Esta montagem morreu, devido a concentração de poluição nas pedras. Todo o aquário tinha a água em bom estado, os peixes que se enfiam nas pedras morriam, sem eu entender, fazia testes todo ok.
Eu ao não ter corrente a passar naquela zona criei uma zona de poluição no aquário, com caracteristicas diferentes ao resto do aquário. Acabou por afectar a dureza da água e obrigar-me a refazer todo o layout.
Ou seja eu tinha concentração de amonia numa zona especifica do aquário, por falta de circulação de água nessa zona. O restante aquário tinha amonia a 0.