Vamos por partes, senão é muito difícil alguém ajudar-te com alguma seriedade.
1º - Só tens guppies no aquário? Se não, que outras espécies tens? Podes ter espécies incompatíveis com os teus peixes.
2º - Qual o tamanho e à quanto tempo tens esse aquário montado? Se o tens à pouco tempo pode ter a ver com o ciclo do azoto.
3º - Quais os valores químicos relevantes da agua: Nomeadamente temperatura, pH, Amónia, Nitritos e Nitratos.
Posto isto, que espero que respondas ao máximo que possas, vai a minha ideia:
Como é mal generalizado vou para algum problema na agua... contudo sem saber mais é pura e simplesmente estar a adivinhar...
Abraço