Gonçalo, pelo Contrário as pedras calcárias fazem aumentar o PH, existem várias pedras calcárias Dragon stone é um dos exemplos mais há mais.
Isso dos troncos não é bem a minha praia, gosto de usar as comercializáveis, red moorwood, mas há outras e há quem utilize de videira, desde que bem fervida, mas não sou o mais experiente nos troncos, troncos de arvores resinosas deves evitar de todo.
Tiago as pedras só alteram o PH para cima, não necessáriamente coloca o aquário instável, se tiveres um KH alto e queiras ter especies de PH 8 e tens na torneira a água a 7, até aconselhava a utlilizares pedras calcárias, e se calhar até areia de coral, o problema de ph alto é que a amónia se torna mais mortifera, se tiveres algum problema com algum pico de amónia, é muito mais mortifera que por exemplo teres um pico de amónia em 6 PH em que é muito menos mortífera.
Há que ler , mas ler tudo muito bem não só por alto.
Já agora não há que ter dúvidas as plantas entram logo com a primeiras água, e depois podes ir adiocionando ou trocando mas deves colocar logo de inicio, pois também elas tem um papel no ciclo do azoto.