Boas,
Efectivamente o cloro presente na agua da torneira é prejjudicial ao nosso pequeno ecossistema (aquario), contudo este facilmente é eliminado pelo arajemento da agua, por ex.
Por outro lado, a cloramina, tambem presente na agua da rede, não 'sai' facilmente, pelo que se torna necessario o seu acondicionamento antes do uso no aquario, quer pela adição de anti-cloro, quer pelo processo de 'envelhecimento'.
http://faq.thekrib.com/pt/begin-tapwater.html
Este link contêm mais informação.
Espero ter ajudado