Boas,
Se tens duvidas em relação á possivel toxidade da água da tua torneira, testa a mesma antes de pores no aquário. Em relação ao cloro, este existe empre nas águas da nossa torneira, e ás vezes em cconcentrações elevadas. O que posso aconselhar é usares a técnica de tirares água para um balde uns dias antes de fazeres a tpa, de modo a que quando fores por a agua no aquario esta já tenha perdido algum cloro (Isto só se aplica, na minha opinião, quando temos muita concentração de cloro, de outro modo, águinha directamente da torneira para o aquário sem problemas).
Relativamente ao cheiro, será que não tens nenhum peixe morto esquecido no aquário? Vê bem nas plantas, no filtro, remexe o areão, ás vezes acontece eles ficarem enterrados um pouco e não o vermos. è claro que depende do cheiro que estás a sentir.
Um abraço