As instruções corretas para download e instalação do programa estão em http://www.baco.nu/aquarius/index.html
Não é preciso fazer o download de qualquer outro arquivo, são apenas 2: Um arquivo de 213Mb que contém os bancos de dados, e as atualizações - que neste caso ainda é apenas uma, o arquivo de 18Mb. Não sei qual é este arquivo de 50Mb, não faz parte do programa definitivamente. Qualquer outro arquivo não deverá ser baixado.
A divergência nos tamanhos eu não compreendi - o arquivo deve ter 213Mb, mas no FTP aparece como tendo 209Mb. Algumas pessoas baixaram este arquivo e o programa funcionou perfeitamente. Como o arquivo é grande, é grande também a possibilidade de haver um download corrompido, principalmente usando gerenciadores de download (que permitem o "resume").
Os outros arquivos indicados para download nesta página são apenas relativos aos problemas que podem ocorrer com os arquivos .OCX não corretamente registrados/desatualizados, e só devem ser baixados caso ocorra algum dos problemas mencionados.
O que irá mudar em futuras versões não será o banco de dados (creio), pois caso o usuário já tenha incluído algum dado particular, estes serão perdidos caso se instale um novo banco de dados atualizado/modificado. Existem modos de se mesclar os dados no entanto (veja a seguir), mas como o banco não será alterado pelos desenvolvedores isso não será necessário, ao menos por enquanto.
As atualizações do programa serão basicamente novas seções, correções de possíveis erros, mas o banco deve permanecer único - as inclusões de novos dados serão feitas pelos usuários. Caso os desenvolvedores do programa resolvam atualizar o banco de dados incluindo novas fichas de novas espécies, a atualização será feita de outra forma (uma rotina separada de mesclagem), não sendo necessário baixar o banco todo novamente. A única diferença no banco de dados que muito provavelmente irá ocorrer em um futuro próximo será a parte das fotos de peixes, que não dependerá do banco de dados (são elas que fazem o banco ficar tão grande e o download tão difícil), as fotos serão lidas de pastas dentro do diretório de instalação do programa, e o banco irá ficar muito menor pois conterá apenas informações em forma de texto, diminuindo o tamanho final do arquivo de instalação.