Boas amigo,
Tens q tirar as plantas do vaso e começar a planta-las... Uma delas é cabomba caroliniana, a outra nao me recordo, mas sei que elas sem boa luz e CO2 vão ter tendência a tombar, e a perder a folhagem...
Quanto a biobox, tens que encher o Aqua todo, e depois se continuar a nao passar agua verifica o que esta a impedir a passagem da agua para os compartimentos seguintes...
Abraços
Edit: a meu ver devias primeiro colocar as pedras/troncos (ou o que pretendes), e depois plantar em função disso...