Boas,
Também já fui "aqui ao lado" ao rio buscar areão, o tratamento que fiz foi muitos simples, lavei umas vezes ao inicio para tirar os bocados de lixo principais, depois para matar a bicharada pus um cheirinho de lixivia ( uma tampa, um pouco mais, já não me lembro) e deixei estar 24 horas. Depois retirei essa água, passei por água mais umas vezes e voltei a meter " de molho" mais 24 horas e depois para dentro do aqua(por esta altura a água de lavagem já está transparente. Quanto ao tronco, não te sei dizer muito bem porque pode ser uma madeira que não seja própria para aquário, quando puderes diz qual é o tipo de madeira e/ou procura aqui no fórum ou no google quanto às madeiras, mas quanto à fervura fizeste mt bem(tanto para o tronco como para as pedras).
Eu entre esses dois escolheria o Aquapor, por ter mais l/h e parece me que te permitirá uma agitação da água superior.
Cumps