Vou arriscar e dizer que eu, tiraria os peixes, as plantas e o resto e lava o aquário (nem que fosse 2 dias esse trabalho).
Lavava com lava loiças (atenção vai retirar a gordura, mas deve ser tóxico, como sei lá) e após essa lavagem. Eu, colocaria o aqua cheio com agua e via se haveria gordura (se houvesse, lavava outra vez).
Por fim, usaria cloro e lavaria o aqua, e passaria por agua da rede varias vezes.
Lavaria pedras, bombas, etc com agua quente até não ver gordura (acho que só os peixes não lavaria, nas plantas verdadeiras passaria um papel nas folhas maiores).
Secava-o, montava-o e colocaria agua nova fazia o ciclo e passado umas semanas fauna lá para dentro.
Que tipo de co2 tens (receita)?
Eu, tenho uma garrafa com a receita ligada a outra mais pequena (apenas com ar) e dai vai para o aqua.
Já reparei numa gordura no topo da agua (pouca).
Talvez coloque na garrafa mais pequena um pouco de agua que tape o tubo da garrafa da receita e assim deve "limpar" o co2.