Manuel,
Os difusores nessa posição podem, de facto, tirar muito tempo de vida aos filtros.
Mais imediato é o facto de estares a colocar co2 (muito!) no filtro e não conseguires uma colónia de bactérias tão estável como normalmente consegues (estás a "envenenar" o filtro).
Claro que a diluição é maior.
Estas restrições não acontecem nos inlines externos pq ficam entre a saída do filtro e a saída para o aquário.
Pedro.