Boas Ana, ainda bem que optaste por plantas naturais, além de tornarem um aquário mais bonito ajudam a oxigenar e consumir nutrientes.
Para o teu caso e devido às dificuldades que apresentas - fauna, filtro embutido em biobox? - o que te aconselhava era não colocares o substrato fértil- já agora qual é? já o compraste? - e apenas prenderes plantas de rizoma que não precisam de substrato visto retirarem nutrientes pelas folhas e serem pouco exigentes em termos de luz/co2/fertilizantes e melhor ainda não precisarem de serem enterradas. Como já tens um tronco podes prender com braçadeiras de plástico, elásticos, fio de costura, etc as seguintes plantas: anúbias, fetos de java, bolbitis heuledotti e musgos.
Para mais tarde vai pensando em retirar a biobox e arranjares um filtro externo seja canister ou hang-up e colocares substratos melhores.
Posto isto se quiseres mesmo colocar o substrato fértil agora, colocas os peixes num balde com a água do aquário, reserva a restante em garrafões, baldes, etc se tiveres uma bomba de ar coloca no balde, além de oxigenar também vai movimentando a água. depois de limpo o aquário colocas o fértil e tapas com o cascalho. Enches com a água reservada e depois colocas os peixes.
Também existe uns substratos férteis em forma de comprimidos e que basta enterrar no cascalho.
Espero ter ajudado.