A explicação do Pedro foi muito acertada «Não morres por CO2, mas sim por falta de O2 porque todo o espaço onde estaria o O2 está ocupado por CO2».
Brancaman, a injecção de CO2 nos aquários é muito controlada (ou pelo menos deve ser) e ocorre em muito poucas quantidades. De X em X tempo o meu sistema manda uma quantidade de bolhas de CO2 para a água, este CO2 vai ser assimilado pelas plantas no chamado "fotossíntese" (durante o dia). Não queria ser muito especifico, porque toda a gente sabe +/- o que é a fotossíntese mas: depois ocorrem vários processos, inclusive químicos, e a planta vai acumular energia derivada da luz que recebe, e libertar O2 para a água beneficiando os seres vivos (fauna) que dependem do O2, tal como os humanos.
Durante a noite com a ausência de luz as plantas assimilam O2 e libertam o CO2, por isso há tendência a desligar os sistemas de CO2 durante o período nocturno.
Caso o CO2 não seja desligado à noite, pode muito bem matar todos os seres vivos, era o movimento causado pelo filtro (que cria bastante oxigenação) contra o CO2 libertado pelo sistema CO2 e pelas plantas, dependendo do tamanho do aquário, número de plantas a potencia do filtro e fauna poderia dar para o torto.
Abraço