Peço desculpa pela resposta tardia....
Se as tpa's limpeza do filtro são feitas semanalmente parece-me difícil que o problema seja bacteriano.
No entanto se o problema fosse bacteriano (Columnaris) de certeza que iam aparecer mais peixes doentes, principalmente os Guppies e peixes mais pequenos que são muito afectados por esse tipo de doenças.
De qualquer maneira não podemos descartar esta hipótese.... tens muitos peixes nesse aquário, logo, a qualidade da água pode não estar a ser das melhores (mesmo com a tpa semanal).
Eu apontei para Hexamita porque afectou apenas as colisas (embora diagonosticar doenças sem ver seja muito complicado).