O próprio filtros ao agitar a água produz trocas gasosas, e por norma é suficiente. Há muita malta que é apologista de que, pegando no caso dos plantados, durante o período de luz se deve ter o CO2 ligado e quando as luzes se apagam desligar o CO2 e ligar a bomba de ar porque as plantas começam a produzir CO2 em vez de o consumirem. Eu tenho CO2 caseiro no meu aqua, não é possível desliga-lo ou seja mesmo durante a noite está ligado, não tenho bomba de ar e nunca tive mortes devido a isso. Claro que não se pode comparar o caseiro ao de botija mas montes de pessoal não liga a bomba durante a noite e também não tem problemas.
O musgo, na minha opinião não vai fazer diferença teres CO2 ou não, em certas plantas faz e não é pequena mas no musgo penso que não. O musgo cresce até à luz das velas...
A receita é simples, eu uso só uma garrafa em vez das duas que referes, faço um furo na tampa, meto uma mangueira de oxigénio ou CO2, uma válvula anti-retorno a meio e o difusor na outra ponta e tens a garrafa pronta. Depois encho 1/4 da garrafa com açúcar, 1L de água uma colher de chá de fermento e uma de bicarbonato de sódio. Nunca reparei em quanto tempo dura mas ao fim de um mês refaço a mistura e ainda deita bolhas quando o tiro do aquário. Depende da quantidade de açúcar e fermento que colocas, estas medidas têm dado resultado para mim.
Podes ir à zona dos DIY e procuras por "CO2 DIY", "CO2 caseiro" ou "Co2 por fermentação".
Só aconselho a usares garrafas de refrigerantes com gás(não sei a que ponto estão mais preparadas para aguentar pressão do que as outras), e usar uma garrafa de 1,5L ou 2L pois deixa mais espaço entre a mistura e o tubo.