Boas mmsantos,
Cada caso é um caso, acredito que te tenha acontecido, no entanto sempre desinfectei os meus aquários com lixívia há anos e nunca tive qualquer problema com os silicones, é claro que tudo vai depender da forma de utilização e da quantidade da mesma, digo isto porque um aquário certamente não será desinfectado todos os anos a não ser que haja falta de sorte e as contaminações persistirem.
Também pode usar uma solução caseira para desinfectar, que é com vinagre de vinho + sumo de limão + sal grosso, não remove com tanta facilidade mas sempre é mais seguro para a fauna no caso de mal lavado.
Saliento que a lixívia, se for bem usada e depois bem removida não causa perigos para a fauna, eu uso-a sempre para limpar o meu material todos os mêses.
É uma opção de escolha e experiência própria de cada um, e lá está os fóruns servem para partilharem experiências e cabe a cada um filtrar apenas o que achar mais lógico ;)
Cumps,