Eu pessoalmente nunca fiz isso...
Sempre os lavei, o filtro para mim é o coração do aquário, quanto melhor estiver, melhor saúde tem o aquário. Se podes colocar o saco? Não tenho essa experiência, além de pensar que nos pode levar um bocado ao desleixo de manutenção do filtro.
Dependendo das tuas possibilidades económicas, aconselho-te um dia a vir a alterar esse filtro (que penso ser mais uma bomba, pela indicação que tenho faz 340 lt, irá sempre fazer menos 20 a 30%), e trocá-lo por um externo e que tenha materiais filtrantes diferentes, como por exemplo cerâmicas (são essenciais para a colónia de bactérias), esponja e lã filtrante. Tens muito por onde escolher é só pesquisares.
Experimenta no outra canto, vê a questão estética com o que prevês vir a ser o layout do aquário, depois verás onde ficará melhor.