Boas SantosNuno
1º Podes e deves guardar o máximo da água,e ritirares a que precisas para lavares o filtro pedras e até os troncos,e o cascalho.
2º Sim podes usar vinagre de vinho,ou de sidra,até vinagre de limpeza,desde que depois passes bem com água corrente até não ter mais cheiro.
3º Podes colocar as plantas que tu quizeres e gostares,pois nunca é demais para a biologia do aquário.
4º Os troncos como te disse no 1º texto,sim podes ficar com os mesmos troncos,a não ser que eles estejam podres,ai tens que os retirar e colocares novos a sim o desejares.
5º Não será necessario baixares o niver da água,isto é se tens a saída da água numa das leterais do aquário a apontar a água para o outro lado do aquário para dár a volta e entrar novamente no filtro, se tens a saída de tráz do aquário para a frente do mesmo está errado.
Tinha-me esquecido de te dizer,que depois de lavares o filtro não é muito aconselhável ter as cerâmicas muito tempo fora de água, porque as bactérias começam a morrer,se for possível enquato lavas o filtro e as outras coisas,teres o filtro primeiro lavado e colocares ele a trabalhar enquanto acabas todo oresto, coloca o a trabalhar numa bacia.
Espero ter-te ajudado,depois diz se correo tudo bem.
Saudações