Boas, sejas muito bem vindo!
Quanto a tua primeira dúvida, sim tás correcto deves substituir por ceramicas ou algo do genero que ajude a colonia de bacterias, ou ainda lâ filtrante(desconheço o filtro).
Quanto à agua esverdeada é um bocado vago, é só a agua que esta esverdeada ou tambem aparece nos vidros? Tens o aquario a apanhar a luz directa do sol?
Pode ser que seja do substracto que colocas-te, pode haver um excesso de nutrientes.
Podes ir fazendo umas tpa´s de 5% de dois em dois dias, não faças mais porque dificulta o estabelecimento das bacterias.