olá Filipe,
isso é no mínimo muito estranho...
Não sei se posso ser grande ajuda pois tenho muitos Escalares mas nunca tal me aconteceu. Os Escalares, pelo q sei, são muito resistentes, e depois de adaptados a um determinado meio são meninos para durar uma longa vida. Agora, no teu caso, não alteraste os valores da água? tpa's, limpeza de filtro, alteração de temperatura? Acho pouco provável q tenha sido o teu último residente a causar esse problema... essas manchas q falas, e que se vêem, (nunca tal vi), mas tb não me parecem a causa, já q dizes q as têm há muito tempo. Os meus Escalares, por ex., vivem com valores de PH perfeitamente desajustados para aquilo q é prática comum aconselhar, estão habituados... de todo o modo, percebo qd é q tenho que limpar filtro, aspirar fundo ou fazer uma tpa pelo comportamento que eles próprios apresentam. Não sei, acho q alguma coisa te aconteceu no aquário, o quê não consigo saber... desculpa não ser grande ajuda, mas de facto não sei que te dizer...
Abraço, Francisco.