Boas,
A cloramina é composta por cloro e amónia, é certo. No entanto, é uma substância extremamente estável e não se decompõe fácilmente pelo que não me parece que seja do tratamento com cloramina que tenhas amónia na água.
Também penso que em Portugal a desinfecção seja feita com cloro e não cloramina. (De qualquer forma os vulgares "anti-cloro" já neutralizam a cloramina também.)
Este LINK tem informação interessante.
Se tiveres a água parada muito tempo, nos canos, num recipiente qualquer, pode-se verificar um aumento natural de amónia ao longo de vários dias. Normalmente a água da torneira não tem amónia porque está sempre em circulação.
Poderás ter medido a amónia duma torneira não usada há algum tempo?
Esperaste quanto tempo (horas) para medir a amónia depois de retirada da torneira?
Se tiveres medido amónia duma torneira usada habitualmente então não sei explicar a origem. Poderás tratar préviamente essa água em recipientes com JBL AmmoEX, resina própria para absorver amónia, ou aplicá-la no filtro.
Cumps.