Dá-lhes tempo, costuma ser um remédio muito recomendado, pois é reconhecida a sua eficácia.
As algas castanhas, costumam aparecer quando tens tudo o que as plantas necessitam para prosperarem, menos as plantas...
Há quem diga que é dos silicatos, mas se fazes TPA's não deve ser só dos tais dos silicatos, dá só mais uma semana às plantas (novas e as que já ai estavam), a partir daí estão por tua conta.
Quando atrás te aconselhei a ter calma, foi porque não precisas de ter pressa pois as algas demoram um pouco a estabelecer-se, sendo portanto lógico acreditar que para as erradicar leve igualmente algum tempo.
Eu como detesto escolher o caminho mais difícil, prefiro fazer as coisas da maneira mais rápida e fácil.
Neste caso, plantava mais (lá porque flutuam não deixam de ser plantas, as flutuantes) e mantinha um plano de fertilização rígido durante um mês ou por aí, andares a cortar plantas só porque estão um bocadito 'sujas' de algas só se for para replantar, o que não era nada má ideia, mas mesmo assim esperava mais uns tempos.
Faz assim, pensa que são pedras e não ligues às algas, daqui a uma semana estão limpas.