Acho que seria melhor colocar os peixes em "alguidares" por algumas horas, juntamente com a agua que conseguires tirar, uns 50% a 75 %, Depois deitarias o resto da agua fora e tiravas o areao. Colocavas o substrato novo, plantas e arranjavas como quisesses. por fim meterias a agua que tinhas tirado para alguidares juntamente com os peixes, e acabas por encher com agua nova.