Viva.
Exactamente como disse o Just_me, o Bicarbonato de Sódio serve para controlar o pH da solução onde está o fermento e onde é produzido o CO2, e não só. Serve também para aumentar a quantidade de CO2 que é libertada sobre a forma gasosa pelas bactérias.
O factor que temos de ter em conta é o do ião comum. O CO2 ao reagir com a água forma ácido carbónico (daí baixar o pH do aquário):
CO2 + H2O -> H2CO3
E por sua vez o ácido carbónico reage com a água da seguinte maneira:
H2CO3 + H2O -> HCO3(-1) + H3O(+1) (Ka1)
HCO3(-1) + H2O -> CO3(-2) + H3O(+1) (Ka2)
(Nota entre parentisis estão as cargas globais de cada ião. Ter também em conta que as reacções são de equilíbrio, eu é que não consigo fazer duas setas )
Obviamente, que se na nossa solução já existir uma concentração elevada de CO3(2-) proveniente da dissolução do bicarbonato de sódio estaremos a dificultar a reacção em cima (Lei de Le Chatelier, para os mais esquecidos). Então teremos uma quantidade de CO2 maior do que aquela que teríamos sem o excesso de carbonato na água (devido ao bicarbonato de sódio). Sendo assim, a única maneira de ele se escapar é sobre a forma gasosa entrando pelo tubo e indo para o aquário onde se irá dissolver na água "livre" de CO3(-2), baixando assim o pH do aquário.
Resumindo e concluíndo, o Bicarbonato de Sódio, serve de certa forma para aumentar a quantidade de CO2 que entra para o aquário pelo tubo. Não aumenta a quantidade produzida pelas bactérias, mas impede que o CO2 se dissolva na "sopa" onde estão as bactérias. E tal como o Just_me disse, adicionares Bicarbonato de Sódio à mistura da bactérias só irias aumentar a quantidade de CO2 libertada, e assim diminuir o pH ainda mais. O que podes fazer é deitar bicarbonato de Sódio directamente no aquário, mas não te aconselho a fazeres isso, mais vale controlares a injecção de CO2.
Quanto ao aparecimento de uma "nuvem" estranha, provavelmente será um sal qq de carbonato. Se é prujedicial para os peixes, perguntas bem porque eu também não sei. A única coisa que te sei dizer é que nesse caso tens o CO2 a funcionar bem, pois a única maneira dessa suspensão aparecer (julgo eu) é se o ácido carbónico tiver acidificado a água do aquário e ter ficado na forma de carbonato CO3(-2).
Peço desculpa se fui muito maçudo/chato, e também não ter feito referências com citações nem nada, mas ainda não sei usar muito bem estes comandos
Cumprimentos
Luís Fortunato