Viva Cain.
Se os peixes forem alimentados na dose certa, as suas fezes não saem aos fios. Se os teus peixes estiverem a nadar com os "fios" lá pendurados, é porque estão a ser sobre-alimentados. Reduzir a quantidade de alimentação (e eventualmente aumentar a frequência em que se alimenta) deverá fazer diferença, sempre com comida de qualidade.
Por vezes, se os fios forem muito longos e/ou sem cor, pode ser sinal de parasitas, e aí deve-se procurar sinais de doença (por exemplo o peixe ficar magro mesmo estando a comer bem).
Agora do que é constituída "aquela membrana que envolve como se fosse uma alheira", alguém que perceba de biologia que explique, mas parece-me uma excelente pergunta para o jpam1993 que postou um tópico a indicar para lhe perguntarmos que ele responde
Nota: Nunca mais vou comer alheiras sem me lembrar disto... :D