boas!
Quanto à maternidade parece-me que está bem, mas como não tenho experiencia com isso espera mais opiniões.
Em relação ao aqua deves tirar as plantas dos vasos, tirar a lã de vidro que existe à volta das raizes e planta-la no substrato. A da esquerda se não me engano é uma anubia, logo não a deves plantar mas sim amarrar a um tronco ou até a uma pedra. Eu como fundo prefiro algo preto para se ver melhor os peixes e as plantas mas, gostos não se discutem.
Quanto ao filtro, não o deves desligar nunca ou corres o risco de te morrerem as bactérias boas e lá se vai o ciclo com o caraças. Se ele tiver a saída de água acima do nível do aqua e remexer muito a água, isso pode baralhar os peixes, nesse caso deves baixar o filtro. Se o filtro for potente e provocar muita corrente, isso tb pode assustar os peixes, nesse caso deves tentar muda-lo de posição para limitar a corrente, do tipo virar a saída para o vidro ou assim.
Quanto às "grávidas" nao te posso ajudar, apenas tive Guppys, e há muuuuuuuuuuito tempo sem nunca ligar muito a isso. Quando nasciam nasciam e pronto. Quantos peixes tens nesse aqua? Só elas estão assim? A descrição que dás da Guppy com mancha negra e tudo parece mesmo de gravidez mas não sei quanto tempo leva. Sei é que se as meteres na maternidade muito cedo pode lhes provocar muito stress e aborto.
Boa sorte