Olá PJ,
não há pra já motivos de preocupação, é perfeitamente normal o que aconteceu e daqui a alguns dias a agua ficará cristalina como é teu desejo. O filtro não se deve parar, e até podes colocar algumas bactérias que darão um empurrão na ciclagem do aquario, deves no entanto colocar 1 ou 2 habitantes depois de teres a agua "limpa" para iniciar a ciclagem.
Se tiveres mais duvidas e postares mais alguma coisa, coloca o setup do aquario, medidas, litros, ph, etc.
alex