Boa tarde!
Pois é, parece que está explicado o porque de os peixes não reproduzirem e andarem a morrer... Além de o sistema de filtragem não ser o melhor como disseste, 3 meses sem fazer uma única troca de água é mau! Deves fazer regularmente e em menos quantidade, por exemplo duas vezes por semana 25%, em caso de algum tratamento ou agravamento de algum valor essas mudas devem ser ainda mais regulares, podendo até ser necessário serem diárias (em casos pontuais, ou em caso de algumas doenças)!
Mas agora estás a ir no bom caminho! Quando fazes uma muda de água, o mas importante é antes de aplicar directamente a água no aquário, acondicioná-la antes! Por isso o Sr. da loja te falou em adicionar bactérias, mas na minha opinião mais importante que adicionar bactérias é remover o cloro e outros componentes da água da torneira! Para isso existem produtos próprios, mas se quiseres evitar o uso desses produtos podes optar por usar água repousada ou seja, deixas a água que vais usar na muda uns dias a repousar para libertar o cloro naturalmente! As bactérias também são essencias pois a água que nós consumimos não tem alguns componentes que para os peixes são essenciais, mas com o ciclo que se deve deixar a fazer no inicio de cada montagem de um aquário, essa colónia de batérias irá ser produzida naturalmente também (é esta a razão pela qual não se deve por logo peixes num aquário que acabou de ser montado). Depois é uma questão de ter alguns cuidados para manter a colónia de bactérias saudável, como por exemplo nunca lavar o filtro com água da torneira, deve-se aproveitar a água que se retira do aquário durante a muda para limpar o filtro, pois não convém que a colónia de bactérias entre em contacto com água directa da torneira, pois pode matar essas mesmas bactérias! O produto que te falaram acaba por ajudar a manter essa colónia, pois se houver algum descuido e morrerem bactérias o produto vai adicionar outras!
Quanto aos testes, convém começares a fazer com alguma regularidade, para controlares a evolução de todos os valores!
Qualquer dúvida diz!